全自動核酸純化儀選用磁棒吸附搬運核酸純化方式，使用深孔反應板和磁棒套，搭配不同品種的磁珠法核酸提取試劑，一起操作1-96個樣本，從血液、細胞、安排、病毒等多種樣本中自動分離提取純化DNA/RNA。儀器經過特制的磁棒吸附、搬運和釋放磁珠，然后完結樣本/磁珠/核酸的搬運，避免了液體處理進程，提高了自動化程度。
全自動核酸純化儀在裂解液裂解樣本后，游離于裂解/結合液中的核酸被磁珠特異性吸附，經過磁棒及磁棒套配合，完結磁吸、搬運、釋放和混合等動作使吸附核酸的磁珠與裂解/結合液分離，并在漂洗液孔將與磁珠非特異結合的各種雜質去除，后使核酸分子溶解于洗脫液中。
全自動核酸純化儀在分子克隆的所有操作中，基本的操作是核酸的純化。其關鍵過程是去蛋白質，通常只要用酚/氯仿。氯仿抽提核酸的溶液即可。每當需要把克隆有某一些所用的酶滅活或去除以便進行下一步時，可進行這種抽提。但是，如要從細胞裂解液等復雜的分子混合物中純化核酸，則要先用某些蛋白水解酶消化大部分蛋白質后，再用有機溶劑抽提。
這些蛋白酶包含鏈霉蛋白酶及蛋白酶K等，它們對多種天然蛋白均有活性，用酚氯仿抽提：這兩種有機溶劑合用，比單獨用酚抽提的除蛋白作用更佳。繼而用氯仿抽提則可除掉核酸制品中的痕量酚。
1.核酸樣品置有蓋小離心管中，加入等體積的酚/氯仿。
2.旋渦混勻管內容物，使呈乳狀。
3.12000×g室溫離心15秒。
4.水相移入另一離心管，棄去兩相界面和有機相。
5.重復過程1-4步操作，直至兩相界面上見不到蛋白質停止
6.按下述核酸濃縮法沉淀收回核酸。
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